并设置interaction score>0.9
我要评论2.3 关键靶点的异病同治查找以及关键活性成分的查找
把38个共有靶点导入STRING数据库，并设置interaction score>0.9，基于机制构建PPI网络。网络PPI网络包含35个靶点以及121条边（图3A）。药理遥散抑郁利用Cytoscape 3.7.1软件的学探腺增性消MCODE插件对该网络进行聚类分析，共得到3个子网络。讨逍根据得分最高创建核心靶点网络图（图3B）。症乳作用核心靶标网络（得分8.222）中的生和节点有：IL-6、IL-4、异病同治TNF、基于机制IL-1A、网络ICAM1、药理遥散抑郁CCL2、学探腺增性消CXCL8、讨逍IL-1B、症乳作用IL-10和IFNG。
根据“单味药-活性成分-共同靶点”相互作用网络筛选得到的关键靶点搜寻到相应的8个关键活性成分：槲皮素（MOL000098）、山柰酚（MOL000422）、β-谷固醇（MOL000358）、芦荟大黄素（MOL000471）、Glyasperins M（MOL000354）、刺芒柄花素（MOL000392）、金合欢素（MOL001689）和柚皮素（M OL004328）。
2.4 通路分析
将上述获得的逍遥散治疗抑郁症、乳腺增生和功能性消化不良的共同靶点输入Metascape数据库进行KEGG通路注释分析。根据P<0.05对KEGG通路结果进行筛选，共得到17条相关通路，其中包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路 (AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、HIF-1信号通路 (HIF-1 signaling pathway)以及癌症通路 (pathways in cancer)等通路（图4A）。GO富集结果表明，在生物过程（biological process）中，逍遥散对脂多糖(response to lipopolysaccharide)、活性氧代谢 (reactive oxygen species metabolic process)以及细胞因子介导的通路 (cytokine-mediated signaling pathway)等的影响较大；在分子功能（molecular function）层面上，逍遥散对细胞因子 (cytokine receptor binding)、磷酸酶 (phosphatase binding)以及血红素(heme binding)等的影响较大；在细胞组分（cellular component）中，逍遥散对膜筏 (membrane raft)、囊泡(vesicle lumen)以及核包膜 (nuclear envelope)的影响较大（图4B）。
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